故事以多個獨立單元的小故事為主，內容全是圍繞幼稚園學生的生活。跟小丸子、四葉妹妹、蠟筆小新、萌少女的戀愛時光等作品相比，花丸幼稚園完全迴避了較為成人及現實的思想，完全以小朋友最天真純樸的角度去看世界。任何帶點“顏色”的場面，都不會在此作品出現。